为适应现代化医院建设的需要，固始中医肛肠医院围绕肛肠疾病的诊疗过程设置了检验科、病理科、影像科、药剂科等多个科室，配置了国内外先进的医疗设备，如贝克曼库尔特AU680生化分析仪、ADVIA CentaurXP全自动组化分析仪、GE Definium 6000数字化摄影系统。此外，医院还设有中医科，利用中西医结合的优势来治疗肛肠疾病，具有显著疗效。
